关于到2020年之前欧洲推进对生物动力柴油机的使用达到占运输动力需求量的10%的计划被国际的几家环境保护组织予以否决。从环境组织及工业组织得出的结论是对生物燃料使用的增长可能会导致弊大于利。
欧洲委员会被提议的能源消耗方案设定目标到2020年之前20%的混合能源要靠可更新资源来提供。这一能源配量目标将把其中不足的百分比由10%的用于在运输中为减轻石油比重的那一部分生物燃料来弥补。通过欧洲的运输量估算出可达到三分之一的二氧化碳的排放量，其中98%的排放量由石油产生。欧洲目前的能源制定标准还是根据2003年的生物燃料标准指示，它规定一个非捆绑目标：到2010年之前5.75%的石油含量和柴油含量要用生物燃料代替。
然而，这一委员会坚定认为这一目标不会被实现并且希望确立一部新立法加强先前制定的标准实施。生物燃料已经得到证实可以用来固碳。此外，生物燃料的使用可以帮助减少大气污染和降低能源浪费。委员会还提出正面论证：那些可更新燃料的使用可以促进降低失业率并且为农业生产提供新的资源收效。他们也将会同京都议定书一起带动欧洲能源使用朝多样化发展。但是一些环境和工业组织提出生物燃料提取可能对环境有害。
对于那些贫穷国，他们对食品的依赖可能会取代生物燃料型农业。有人已经对此进行过争论，那就是制造生物燃料所消耗的能量可能会比生物燃料自含能量还要多。一些用在施肥中的化学制品，由于对人体健康构成威胁，也被强烈批判，同时在研制生物燃料时对经过遗传改良的作物的使用也引起很强的争议。
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